Chef-lieu de l'Ajoie, Porrentruy est l'ancienne capitale des princes-évêques de Bâle du XVIe au XIXe Siècle. Le prince-évêque Jacques-Christophe Blarer de Wartensee restaure le château de Porrentruy, détruit par un incendie, et fonde un collège jésuite, aujourd'hui Lycée cantonal.
Outre ces deux bâtiments, Porrentruy possède bien d'autres édifices dignes d'intérêt, tels que l'église Saint-Pierre, l'Hôtel-Dieu (un ancien hôpital), l'Hôtel des Halles ou la chapelle de Lorette.